Хотя Heroes of Might and Magic II визуально очень похожа на своего предшественника, она имеет ряд принципиальных отличий в игровом процессе.

Вторичные навыки

В Heroes II игроку предлагается развивать героев с помощью системы вторичных навыков. В противоположность первой части серии, в которой герой имел только 4 основных параметра (атака, защита, колдовская сила и знание), вторая игра серии позволяет развивать и множество вторичных навыков. Часть навыков схожи по действию со специальными способностями героев из Heroes of Might and Magic I (например, Навигация Волшебниц и Разведка Чародеев).

Герой может владеть максимум восемью из четырнадцати возможных вторичных навыков. Каждый вторичный навык может быть развит до одного из трёх уровней: базовый, продвинутый или экспертный. Когда герой переходит на новый уровень (путём получения опыта или посещения специальных строений), он получает +1 к одному из основных параметров, а также имеет право выбрать один из двух вторичных навыков. Могут быть предложены как новый уровень уже имеющегося (но ещё не экспертного) навыка, так и новый навык базового уровня.

Новая магическая система

В Heroes II была существенно изменена система магии. В первой части серии основной параметр Знание обозначал максимальное количество применений одного заклинания. К примеру, герой со Знанием, равным 4, мог колдовать каждое из своих заклинаний не более, чем 4 раза. В Heroes II эта система была заменена системой очков заклинаний. При этом герой выучивает заклинание навсегда, но каждое его применение сто́ит определённое число очков. Количество очков, которое есть у героя, обычно определяется его Знанием, умноженным на 10. Например, если у героя Знание равно 3, то у него изначально есть 30 очков. После того, как он сотворит заклинание стоимостью 8 очков, у него их останется 22. Очки заклинания обычно восстанавливаются по одному за день, однако в некоторых случаях этот процесс может быть ускорен.

Также в Heroes II был добавлен 5-й уровень Гильдии магов (и соответствующие заклинания пятого уровня).

Новые классы героев

В дополнение к старым классам из первой части (Рыцарь, Варвар, Колдунья и Чародей) в Heroes II были добавлены Волшебник и Некромант.

Улучшение монстров

Heroes of Might and Magic II предоставляет игроку возможность улучшать монстров. Улучшение монстров возможно с помощью строительства улучшенных вариантов их поселений в замках. К примеру, после улучшения строения Сторожевой пост вместо обычных Пикинёров будут наниматься Пикинёры-ветераны.

Обычно улучшенные существа отличаются от своих обычных аналогов только увеличением одной или нескольких основных характеристик (например, атаки, защиты, здоровья или скорости), но иногда улучшенное существо обладает немаловажными специальными возможностями. Так, например, Вампиры-Лорды (получаемые улучшением обычных Вампиров) могут пить жизнь из врагов. Это означает, что при ударе они не только наносят повреждение атакованному существу, но и прибавляют к своему здоровью столько же, сколько они нанесли урона врагу. Причём таким образом могут воскреснуть уже убитые вампиры, что делает их очень серьёзными противниками.

Обычное существо может быть улучшено при наличии необходимого строения в городе за двойную цену разницы между ценой обычного и улучшенного существа. Новые нанимаемые отряды будут улучшенными.